BBEdit

2018 年 2 月 21 日 改訂

BBEdit は Mac で動くテキストエディターです.系統解析の各種ファイルを加工するのに非常に便利です.BBEdit の検索・置換を使いこなすことによって,わざわざ perl などのスクリプトを書かなくても解決する問題がたくさんあります.最初は英語がわかりにくいですが,慣れてくると良い英語のトレーニングにも思えてきます.私の大好きなソフトウェアの一つです.
 BBEdit の free version である TextWrangler* も実はおすすめです.両者の違いがこちらにまとめてありますが,使っていて BBEdit と違いを感じることはありません.ここでは BBEdit と TextWrangler の両方で使える機能を紹介します
* 2017 年にTextWrangler の配布は中止されましたが,BBEdit に free version ができました.


改行コードの変更
Unix (Linux), Mac, Windows でテキストファイルの改行コードが違います.ウィンドウ下にあるポップアップメニューで変更します.



検索・置換
BBEdit の検索・置換機能はとても強力です.正規表現は,一部を除いて perl と同じです.

¥とバックスラッシュ
「¥」あるいは「option + ¥」キーで,どちらか入力されます.以下で切り替え可能です,



改行変換とバックスラッシュ
改行に変換したい場合は,「\r」です.下の例だと検索と置換の窓にそれぞれ,

>

\r>

を入力しています.
  「\」はバックスラッシュです.環境によって表示が異なるので,日本語フォントで表示しています.コンピュータは「\」 と同じ意味と解釈します.お手元の Mac では,もしかしたらキーボードに書かれていなくて,「\」を押すとバックスラッシュがでるようになっているかもしれません.





ディレクトリ内部にある複数のファイルを一括検索



\1

検索置換で()で囲まれた部分を残します.


\L\1

大文字を小文字に変換します.こちらを参照にしました (1, 2).




その他

[ \t]+

1 回以上のスペースかタブを選択します.逆スラッシュの前にスペースが入っています (マニュアルの Matching White Space を参照).

\t{3,}
3 回以上のタブを選択します.

&
適合語.Replace With: の方に書きます.

[ ]
Use Grep の場合は,スペース (空白) を括弧でくくるようです.

^.*Zebrafish.*\r
Zebrafish を含む行を選択します.

^[^>].*\r

Fasta 形式のファイルで,sequence の行だけを選びます.^[^>] は,行の最初が > 以外の行を意味しています.


テキストを複数行にわたって四角く選択

Soft Wrap Text (下の方のコラム参照) で,画面の幅によって行が自動的に折り返される場合は,このオプションが使えないので気をつけてください.


デフォルトの設定



サイドバーのタブ表示



Line Numbers (行番号) の表示


区切り文字の自動入力


SFTP login

Supercomputer や他の PC に入ってテキスト処理ができます.図のようにメニューから,

File > Open from SFTP/FTP Server ...

を選んでください.
 PC や SuperComputer を遠隔操作するときには,必須のオプションです.SuperComputer では emacs や vi などのテキストエディタがうまく動かないことがよくあって,この場合に BBEdit の遠隔操作機能が威力を発揮します.何より,プログラミングは BBEdit でやった方がずっとやりやすいです.
 なお,.bash_profile や .bash_rc など「.」で始まる設定ファイルを読み込まないので,一度 mv などで「.」をとって名前を変化させる等して BBEdit に読み込ませる必要があります.
注意:もしかしたら,公開鍵暗号を作成しないと,BBEdit/TextWranger から入れないかもしれません.公開鍵暗号の作成はこちらを参照してください.


ssh test-inoue@test.unit.oist.jp

の場合は,以下のように入力してください.

Server: test.unit.oist.jp
User: test-inoue


ショートカット

ショートカットの割り当ては,

BBEdit > Preference > Menus

で行います.
 改行なしで表示するかどうかを決める Soft Wrap Text をショートカットに割り当てておくと,非常に便利です.上記,Menus の Toolbar > Text Options で設定可能です.

TextWrangler の場合.

BBEdit12 の場合


プログラムの実行

#! メニューの Run によって,terminal を介さずに TextWrangler からプログラムを実行できます.

この場合,スクリプトを実行可能にしておく必要があります.*
例えば Python の場合,以下の行

#!/usr/bin/env python

をスクリプトの一行目に書いてください.そして,

chmod u+x sample.py

によって実行可能権をスクリプトにつけておきます.env コマンドが「/usr/bin/」にない場合は,この行を適宜変更する必要があります.
*こちらを参考にしました.


操作方法の検索
Help メニューの Search でキーワード検索できます.



リンク

practical computing for biologists
python を用いたバイオインフォマティクスの実践方法を紹介した本.TextWranger の使い方など,基礎的なことが丁寧に書かれています.

Mac OS X Hints

検索置換して使うと便利です.

BBEdit Talk
Discussion group です.

http://knk-n.com/2012/03/03/textwrangler/